Большое количество выделенных и изученных бактериофагов определяет необходимость их систематизации. В настоящее время согласно Международной классификации и номенклатуре вирусов бактериофаги, в зависимости от типа нуклеиновой кислоты разделяют на ДНК- и РНК- содержащие.
По морфологическим характеристикам ДНК-содержащие фаги выделены в следующие семейства: Myoviridae, Siphoviridae, Podoviridae, Lipothrixviridae, Plasmaviridae, Corticoviridae, Fuselloviridae, Tectiviridae, Microviridae, Inoviridae Plectovirus и Inoviridae Inoviru
Применение бактериофага с целью предупреждения инфекционного заболевания называется фагопрофилактикой. Бактериофаг применяют также при диагностике инфекционных заболеваний. Использование бактериофага в этих целях основано на его специфичности, т. е. на способности заражать и лизировать только определенные виды бактерий. При необходимости установить природу (видовую принадлежность) бактерии, выделенной из организма больного и объектов окружающей среды, к культуре прибавляют известный бактериофаг. Ее лизис указывает на принадлежность к определенному возбудителю заболевания.
Бактериофаги широко используются в ветеринарии в качестве лечебных и профилактических средств, особенно эффективен стафилококковый бактериофаг при лечении маститов у коров. Препараты бактериофага назначают внутрь при заболеваниях внутренних органов либо местно, непосредственно на очаг поражения. Действие фага проявляется уже через 2-4 часа после его введения (что особенно важно в условиях реанимации). Бактериофаги проникают в кровь, лимфу и выводятся через почки, санируя мочевыводящие пути.
Активность бактериофага выражают степенью его разведения, при котором происходит полный лизис чувствительной тестовой культуры. Жидкие препараты фага сохраняют свою активность от 6 до 12 лет при температуре (64)0С в защищенном от света месте.